أعربت العديد من المنظمات الحقوقية السودانية عن قلقها من ارتفاع أعداد المفقودين جراء الحرب.
فبينما قدرت المجموعة السودانية للدفاع عن الحقوق والحريات العدد بنحو خمسين ألف مفقود، وثّقت منظمات حقوقية سودانية محلية ما لايقل عن 3,177 حالة، بينهم أكثر من 500 امرأة و300 طفلاً.
في حين أكد الخبير الأممي، رضوان نويصر في مقابلة نشرها موقع الأمم المتحدة، أن الاختفاء القسري وفقدان الأشخاص مشكلة موجودة في السودان، مضيفًا أن هذه ليست الانتهاكات الوحيدة التي خلفتها الحرب.
ونوّه إلى التدمير الذي طال المناطق السكنية، وانتهاك الحقوق، وطرد المدنيين من منازلهم، والاغتصاب الجنسي، علاوة على التجنيد القسري للشباب من قبل طرفي النزاع.
كما أعرب عن أسفه إزاء عدم إيلاء الأطراف المعنية أهمية كبيرة للمسائل المتعلقة بحقوق الإنسان.